La procédure de mise à jour d'une instance OwnCloud (là, c'est de la 5.x à la 6.x). Je me la mets sous le coude parce qu'il va falloir que je m'y mette et que je ne retrouve jamais cette fichue documentation d'upgrade !
Ah, et la procédure de sauvegarde peut être trouvée là: http://doc.owncloud.org/server/5.0/admin_manual/maintenance/backup.html (changez le numéro de version - ici 5.0 - par la version que vous possédez)
Et ce chapitre peut être utile pour savoir quels chmods donner à l'installation (750 pour les répertoires, 640 pour les fichiers): http://doc.owncloud.org/server/6.0/admin_manual/installation/installation_source.html#set-the-directory-permissions