Le client Let's Encrypt de l'EFF (l'officiel, donc) est plutôt bien fait, mais je trouve qu'une documentation un peu plus claire n'aurait pas été un mal. Bref, pour ma part, j'ai procédé à l'installation comme ça:

$ mkdir /opt/certbot
$ cd /opt/certbot/
$ wget https://dl.eff.org/certbot-auto
$ chmod a+x certbot-auto
$ ./certbot-auto version
$ ./certbot-auto --apache -d mondomaine.com,www.mondomaine.com --email info@mondomaine.com --rsa-key-size 4096

Et voilà, certificats générés pour mondomaine.com en RSA-4096 :)
Pour renouveler, une petite règle cron:
$ /opt/certbot/certbot-auto certonly --apache -n -d mondomaine.com,www.mondomaine.com --email info@mondomaine.com --rsa-key-size 4096

Et si vous ne voulez pas vous embêter avec tous ces paramètres, un fichier de configuration peut être fourni avec le flag -c (voir ici: https://certbot.eff.org/docs/using.html#configuration-file)